В 1994 г. вышла в свет книга историка Ури Мильштейна, в которой впервые выдвигались обвинения подобного рода. В 1995 г. было опубликовано еще одно исследование аналогичного содержания, под авторством историка Арье Ицхаки. Тогда же еженедельник "Йерушалаим" ("Едиот Ахронот") опубликовал интервью с бригадным генералом запаса Арье Биро, признавшим, что войска под его командованием казнили египетских военнопленных во время Синайской кампании 1956 г. По словам Биро, пленных расстреливали даже со связанными руками.
Вследствие подобных публикаций была создана правительственная комиссия, призванная проверить утверждения о массовых казнях египетских военнопленных. Она завершила работу в начале 1998 г. В отчете комиссии отмечалось, что обе стороны, как израильтяне, так и египтяне, виновны в убийствах военнопленных.
В июле 2004 г. лондонское издание "Аш-Шарк аль-Аусат", со ссылкой на египетского министра иностранных дел Ахмада Махера, сообщило, что Египет потребовал от Израиля создать военную следственную комиссию для проверки "военных преступлений солдат ЦАХАЛа против египетских военнопленных". По итогам работы этой комиссии Каир собирался обратиться в израильский Высший суд справедливости с требованием выплатить компенсации семьям погибших военнопленных. По данным того же издания, Израиль был готов удовлетворить требования Египта, но категорически воспротивился любым судебным разбирательствам. В этой связи Ахмад Махер подчеркнул, что аргументы об истечении срока давности были бы неуместны, приведя в качестве примера требования Израиля о выплате компенсаций за преступления нацистской Германии против евреев, и отметив, что все аргументы относительно истечения срока давности в данном случае были отвергнуты.
На этом фоне семьи египетских военнослужащих, погибших в ходе Шестидневной войны, обратились в египетский суд Эль-Ариша с иском против Государства Израиль и тогдашнего главы правительства Ариэля Шарона. Они обвинили израильские войска в пытках и казнях 16 тысяч египетских военнопленных, потребовав компенсации в размере 12 миллионов долларов. В январе 2005 г. суд счел иск недоказанным.
25 февраля 2007 г. по Первому каналу израильского телевидения был показан документальный фильм "Руах Шакед", посвященный действиям спецназа "Шакед", под командованием нынешнего министра инфраструктур Биньямина Бен-Элиэзера, в последний день Шестидневной войны. В фильме два бывших бойца этого подразделения рассказали о расстреле безоружных египтян. Кроме того, «Руах Шакед» повествует о преследовании бойцами спецназа солдат египетского коммандос, пытавшихся добраться из сектора Газа на Синайский полуостров. Диктор за кадром отмечает, что по окончанию погони численность погибших бойцов египетского коммандос достигала 250 человек.
Масс-медиа Египта, в частности наиболее авторитетное издание – официоз «Аль-Ахрам», сообщили, со ссылкой на Первый канал израильского телевидения, что бойцы спецназа «Шакед» расстреляли около 250 египетских военнослужащих, после того, как те сложили оружие.
Комментируя эти сообщения, экс-председатель партии МЕРЕЦ Йоси Сарид заявил в интервью «Аль-Ахрам», что «убийства египетских военнопленных во время Синайской кампании и Шестидневной войны являются военными преступлениями, не имеющими срока давности». Он подчеркнул, что ему известно о совершении израильскими войсками подобных «преступлений» и в ходе других арабо-израильских войн. «Наказание исполнителей этих преступлений затрудняется тем, что с 1967 г. прошло уже 40 лет, но таких людей осудит сама история» - заявил Сарид.
Биньямин Бен-Элиэзер отреагировал на экранизацию «Руах Шакед», представив свою позицию тому же «Аль-Ахрам». Он отметил, что убитыми являлись не египетские солдаты, а палестинские боевики, действовавшие в секторе Газа на стороне египтян, причем погибли они не после сдачи в плен, а в ходе военных действий.
6 марта председатель общественного объединения бывших бойцов спецназа «Шакед» Шломи Гронер, в интервью интернет-изданию Ynet, полностью опроверг сообщения о казни египетских военнопленных. Он подчеркнул, что Бен-Элиэзер дал тогда четкие указания не открывать огонь по отступающим солдатам противника, и в случае сдачи в плен, относиться к ним как к военнопленным. Гронер обвинил Йоси Сарида в том, что он «подлил масла в огонь, не изучив темы, не посмотрев фильма и не касаясь реальных фактов». Одновременно гендиректор Государственного комитета по телевидению и радиовещанию Мордехай Шкляр сделал официальное заявление о том, что в «Руах Шакед» не говорилось об убийстве израильскими солдатами египетских военнопленных. Он обвинил отечественных журналистов в передаче искаженной информации, почерпнутой из египетских СМИ, без просмотра самого фильма.
Экранизация «Руах Шакед» вызвала бурную реакцию в политических кругах и масс-медиа Египта, что спровоцировало кризис в отношениях двух стран. «Аль-Ахрам» возложило на Бен-Элиэзера личную ответственность за гибель египетских военнослужащих, и он был вынужден отметить ранее запланированную поездку в Каир.
Главы парламентских комиссий по правам человека, а также по иностранным делам и обороне, обвинили Израиль в «массовом убийстве невинных египетских солдат" и "серьезном нарушении прав человека и норм международного права». 6 марта участники заседания парламентской комиссии по делам арабского мира объявили, что если лица, ответственные за казни военнопленных не будут преданы суду, Египет пересмотрит экономические отношения с Израилем, и «все остальные договора», заключенные двумя государствами. Оппозиционные парламентарии призвали немедленно аннулировать мирное соглашение с Израилем и объявить войну.
Одновременно, официальное издание «Аль-Джумхурия» передало высказывание главы МИД Ахмеда Абу-Рейта о том, что если в ближайшие дни Израиль не предпримет никаких действий, Египет взвесит возможность обратиться в международные институты, а также применение мер юридического характера. Анонимный дипломатический источник, сообщил египетскому изданию «Аль-Масри аль-Йум», что Каир рассматривает возможность обратиться в Международный Гаагский трибунал.
Данный вопрос обсуждался 6 марта на встрече Абу-Рейта с министром иностранных дел Израиля Ципи Ливни в Брюсселе. После переговоров он предостерег, что факты, вскрывшиеся в результате экранизации фильма, «вызвали сильнейшее негодование и возмущение в египетском обществе».