В результате конфликта с Иринеем Пападимас покинул Израиль. Сейчас он никому не раскрывает свое местопребывание. Тем не менее, Пападимас идет на контакт с прессой, поскольку намерен опровергнуть утверждения патриарха Иринея, обвиняющего Пападимаса в том, что последний совершил сделку с недвижимостью по собственному усмотрению, без согласия патриарха, а также присвоил себе средства из казны патриархии.
Около двух лет правительство Израиля отказывалось официально признать Иринея патриархом греко-православной церкви в Иерусалиме, утверждая, что он является приближенным Арафата и ненавидит еврейское государство. Лишь в январе 2004 года правительство Израиля согласилось признать Иринея патриархом. Несколькими месяцами позже была совершена сделка с продажей участка в районе Яффских ворот, который приобрела группа состоятельных евреев из-за рубежа. Сделка вызвала возмущение в среде палестинцев, заявляющих, что Ириней способствует «иудиаизации» Иерусалима.